Voda může být plná původců nepříjemných nemocí. Ani mírné příznaky bolení břicha, křečí, průjmu, zvracení, teploty či vyrážky proto není radno podceňovat.

„Vodou zasažené potraviny rozhodně nejsou vhodné ke konzumaci a v případě zasažení či ohrožení vodního zdroje je třeba využít náhradní zdroje pitné vody nebo vodu balenou," zdůrazňuje František Kotrba z krajské hygienické stanice.

Při úklidu pak doporučuje minimalizovat kontakt s kontaminovanou záplavovou vodou a bahnem, používat holinky, gumové nebo jednorázové rukavice a dezinfekční prostředky. Zapomínat by lidé rozhodně neměli na důkladné mytí, v případě práce s kontaminovaným materiálem i dezinfekci rukou a čištění oděvů.

Ze zaplavených potravin lze podle hygieniků bezpečně konzumovat pouze ty, které byly hermeticky uzavřeny ve skle nebo v plechových konzervách. I u nich je ale třeba zkontrolovat, zda nemají silně znečištěný uzávěr, pomačkaný či jinak poškozený obal. Před otevřením je nutné je umýt ve vodě a v dezinfekčním roztoku.

Ovoce na stromech a keřích, které nebylo zasaženo, lze po důkladném omytí jíst. Zemědělské plodiny, které nebyly zcela pod vodou 
a dál rostou, by nikdo neměl konzumovat dřív než za 3 týdny, doporučuje se ale kontrola hygieniků.

Povodňová voda může kontaminovat i půdu. Nejen že může připlavit nebezpečné bakterie, ale také toxické chemické látky. Jak uvedl Václav Pižl, ředitel Ústavu půdní biologie Biologického centra Akademie věd ČR v Č. Budějovicích, s cizími bakteriemi se půdní mikroorganismy vypořádají dobře. „S bakteriálním znečištěním si půda poradí velice rychle," uvedl Václav Pižl s tím, že odbourání těchto organismů je otázkou několika měsíců, podle toho, jak byla půda zasažena.

Horší je podle něj ale chemické znečištění. „Mohou to být zbytkové pesticidy, hnojiva, těžké kovy a toxické látky, které byly v hlubších vrstvách půdy a voda je vyplavila," vysvětluje Václav Pižl. Přirozená obnova takových půd může trvat několik let.

Nevhodné je jíst zeleninu 
a rostliny, které přímo zasáhla povodeň. Riziko může hrozit 
i při pozdějším pěstování rostlin v půdě, která byla znečištěná. „Čím déle voda v zaplaveném území stojí, tím hůř," řekl Václav Pižl a dodal, že riziko představují hnilobné procesy.

Jihočeští půdní biologové při výzkumu před několika lety zjišťovali například i vliv povodní na žížaly. Přišli na to, že při letní povodni ve zkoumaném území byly naprosto zničené populace žížal a k obnově došlo až za několik let.