Díky tomu, že v Budějovicích sídlilo biskupství a také piaristický řád, hrálo město jednu z vůdčích rolí rozvoje českého středního školství. Ve městě bylo, v poměru k ostatním českým krajským městům, zakládáno nejvíce škol. To hlavně kvůli oddělování českých a německých škol, což v jiných městech nebylo zvykem. První gymnázium, byť německé, bylo v Budějovicích založeno roku 1762.

Na české si Budějčáci museli ještě sto let počkat, v roce 1868 jej založil biskup J. V. Jirsík. Vyústila tím česká snaha získat ve městě vliv na úkor ekonomicky silné a početné německé části obyvatelstva a politiků. V rámci politického soupeření se stalo zvykem a téměř povinností, že pokud vznikla ve městě vzdělávací instituce, zřídila ji okamžitě i druhá strana.

Tento trend zesílil ještě poté, co bylo v 80. letech 19. století formálně ustanoveno národnostní vyrovnání mezi českobudějovickými Němci a Čechy, pro které bylo symbolicky vybráno označení „utrakvismus", které připomínalo náboženskou toleranci Čech z dob před Bílou horou. Díky této zásadě se dnes mohou České Budějovice chlubit nejvyšším počtem gymnázií ze všech krajských měst v Čechách.

Co do počtu studentů na gymnáziích a reálkách byla na začátku 90. let 19. století na prvním místě Plzeň, která těžila z populárního církevního gymnázia, které v Českých Budějovicích chybělo, následovaná Hradcem Králové. S ohledem na velikost města byl ale význam středních škol největší pro České Budějovice, kde byl jejich počet  vyšší. Zde studovalo ve školním roce 1891/1892 473 studentů na českém gymnáziu a 316 na německém.

Pestrostí nabídky vzdělávacích institucí byly Budějovice atraktivním a významným městem, nejprve v rámci regionu a později i celých Čech.