Dnešní sídlo patřilo zřejmě zprvu jako osada od počátku 11. století do majetku pražského biskupství. Již v polovině 11. století je doloženo první centrum s románským kostelem zasvěceným nejprve Panně Marii a později sv. Kateřině. Nejstarší dochovaná písemná zpráva, dokladující zdejší biskupské dominium, je z prosince roku 1229. Týká se návštěvy pražského biskupa Jana II., který zde osobně figuroval v jednom z církevních sporů. Toto datum je dnes připomínáno jako počátek města na Českobudějovicku.

K prudkému rozvoji sídla došlo ve druhé polovině 13. století za biskupa Tobiáše z Bechyně. Ten založil na západním okraji starší osady nové městské centrum, soustředěné kolem kostela sv. Christofora, postaveného po r. 1251 při komunikaci spojující dva zdejší brody. Na vltavském toku byly vybudovány čtyři mlýny a tři jezy pro regulaci hladiny. Zaplavení původních brodů si vyžádalo stavbu dřevěného mostu, tehdy jediného na Vltavě v úseku mezi Budějovicemi a Prahou. Od husitských dob bylo město jako zástava v držení šlechtických rodů a nakonec získalo samosprávu a povýšení mezi královská města. V pobělohorské době ale znovu začalo patřit pod církevní vrchnost - pražského arcibiskupa.

Evropský den melanomu každoročně odhalí při bezplatném vyšetření zájemců v celé České republice přes stovku zhoubných kožních nádorů.
Divná znaménka na kůži? Ukažte je raději odborníkům, než bude pozdě

V novověku je město spojeno s voroplavbou nebo dopravou soli podél Vltavy. Ve 20. století zde průmyslovou výrobu zastupuje také cihelna, a to dodnes. Nebo strojírenské podniky.

K zajímavostem města, kromě podzemních chodeb pod náměstím, patří například rozsáhlé cvičiště císařských polních dělostřelců, zřízené za Marie Terezie, které ale ukončilo činnost ještě v 18. století. A opravdovým unikátem je otáčivé hlediště, na kterém každé léto hraje ochotnický spolek Vltavan.