Summit nazývaný Gymnich provázelo nejen jednání diplomatů, ale i protestní akce a demonstrace. Největší protest, při kterém zakročila i policie, uspořádalo v pátek odpoledne několik desítek příznivců Dělnické strany. V pochodu k zámku, ve kterém jednali ministři evropské unie, jim ale zabránil policejní kordon.

Dvě akce se týkaly amerického radarového systému a jeho umístění v Evropě. V pátek zhruba dvacítka demonstrantů chtěla, aby byl systém buď přijat Evropskou unií jako celkem, nebo aby od jeho instalace bylo upuštěno. V sobotu pak zhruba desítka demonstrantů přímo americký radar v České republice odmítla. To byla také poslední protestní akce při setkání.

V sobotu večer se v hlubockém kině Panorama uskutečnil také poslední ze tří filmových večerů, které se konaly v rámci filmového festivalu „Jeden svět 09“. Filmy o problematice lidských práv nebo válečných událostech v bývalé Jugoslávii doprovodila i výstava o některých osobnostech, které doplatily na pronásledování běloruským režimem prezidenta Lukašenka.

Na bezpečnost setkání ministrů vyčlenila policie celkem asi pět set mužů, kteří se vystřídali v Hluboké nad Vltavou a jejím okolí při summitu.

Nepříjemnou vzpomínku si na setkání odveze dánský ministr zahraničí, kterému se v sobotu brzy ráno udělalo nevolno, a musela být povolána záchranka. Ministr byl hospitalizován v českobudějovické nemocnici a péči o něj převzali lékaři koronární jednotky. Podle vyjádření českého ministerstva zahraničí, ale nešlo o žádnou závažnou zdravotní komplikaci.