Odbavovací halu čeká zásadní proměna a možná dojde i na to, že by se ze směru od Suchého Vrbného přibyl přímý vstup. Podle Radky Pistoriusové z oddělení komunikace Správy železniční dopravní cesty, se architektura odbavovací haly má co nejvíce přiblížit původnímu historickému rázu.

„Spolu se zachováním některých prvků novodobé historie v souladu s požadavky památkářů,“ říká Radka Pistoriusová. Odbavovací hala bude „očištěna“ od veškerých komerčních vestaveb a stánků. Prodejní místa budou přesunuta do prostor přiléhajících k hale, které se mají uvolnit tak, aby byly do haly otevřeny nově výlohy. Hala bude v severní části nově propojena chystanou komerční zónu s vyústěním do prostoru zakončení Lannovy třídy.

Podle Radky Pistoriusové se nyní také zpracovává samostatná studie, která se zabývá přednádražním prostorem a navazujícími komunikacemi. Ta bude zkoumat i možnost přímého napojení nádraží na Suché Vrbné.

Na rekonstrukci nádraží se chtějí nepřímo podílet i České Budějovice. Na jejich pozemku u objektu by mohlo vzniknout velké parkoviště pro jízdní kola.

V roce 2020 chce Správa železniční dopravní cesty zahájit celkovou rekonstrukci budějovického vlakového nádraží. Proměnit se má nejen odbavovací hala a vstupy do ní. Jeden by mohl přibýt od severu od Lannovy třídy, další možná od Suchého Vrbného. Uvažuje se také o úpravách okolí nádraží.

Na řešení celé lokality se chce podílet i město České Budějovice. Podle náměstka primátora Františka Konečného se například jedná s Českými drahami o odkoupení pozemku jižně od objektu nádraží. „Chtěli bychom tu parkoviště pro kola a pro automobily handicapovaných,“ přibližuje plány města František Konečný s tím, že se jedná o plochu směrem k Mercury centru.

O několik set metrů dále, v prostoru nákladového nádraží, je už řadu let v dopravních plánech města počítáno s vytvořením záchytného parkoviště.

Podle tiskového mluvčího Českých drah Petra Šťáhlavského je ale areál bývalého nákladového nádraží stále využíván k aktivitám v nákladní dopravě, k nakládce a vykládce. Navíc jsou pozemky zahrnuty do smluvních vztahů mezi drahami a developerem, který má v této lokalitě výhledově investiční záměr.
České dráhy uvažují, že by zde mohlo vzniknout alespoň menší parkoviště, jako doplnění míst u osobního nádraží. Ale další postup drah se bude odvíjet od výsledku jednání s developerem, se Správou železniční dopravní cesty a dalšími partnery.

Samotný projekt rekonstrukce historické budovy vlakového nádraží by měl být hotov na podzim roku 2019. Zahájení stavebních prací se předpokládá na leden 2020 a náklady na proměnu objektu se odhadují na 300 milionů korun.

Objekt současného vlakového nádraží byl slavnostně uveden do provozu v prosinci 1908. Nahradil původní budějovické nádraží, které stálo trochu jižněji a bylo zbořeno roku 1910. Při úvahách o rekonstrukci objektu se objevil i návrh, aby v blízkosti vznikla věž pro kola, jako jejich kapacitní parkoviště. Zatím jde ale jen o úvahu.