Svými činy si však tento oblíbený učitel znepřátelil v době protektorátu tehdejšího starostu Slavče L. J. i jeho předchůdce T. F. tito pánové nakonec zařídili v roce 1942 zatčení Bohumila Kozlíka gestapem. Ještě v den zatčení byl pak učitel na táborském popravišti gestapa bez soudu popraven.

Ovšem L. J. toho měl v době protektorátu na svědomí více. V roce 1941 oznámil spoluobčana V. pro černý obchod s potravinami, ale vrchní strážmistr Š. V. stačil V. včas varovat. L. J. také pravděpodobně předal nacistovi Charvatovi předválečnou kandidátní obecní listinu, na níž byla uvedena jména slavečských komunistů, což v případě člena KSČ Č. F. skončilo zatčením a následně 19. května 1944 jeho smrtí v koncentračním táboře Buchenwald.

5. května 1945, pod vlivem událostí v Trhových Svinech, propukl ve Slavči odpor proti Němcům. Spolupracovníci nacistů L. J. a T. F.byli zajištěni a předáni do budovy okresního soudu v Trhových Svinech.

Jenomže 7. května do Trhových Svinů vtrhla jízdní jednotka esesmanů, kteří hledali cestu k Američanům. Internovaní zrádci a Němci byli propuštěni a oba muži odcházeli z vězení s myšlenkou pomstít se. Shodou náhod toho dne Slavčí projížděli další vojáci SS, kteří utíkali od kaplického nádraží směrem na Nové Hrady.

Ve Slavči dostali informaci, že místní obyvatelé mají zbraně, a tak se rozhodli devět osob vzít jako rukojmí a uvěznit je ve Chvalkově, ležícího již na území Říše. Při osobních prohlídkách našli u jednoho z mužů pod klopou československou trikolóru a hodlali ho na místě pověsit na lípě vedle návesní kapličky. Naštěstí se podařilo vyjednat s esesmany podmínku, že k případné popravě zadržených dojde, až když nebudou vojákům odevzdány ukryté zbraně.

To se mělo stát do šesti hodin večer 7. května. Esesmani již poslali do Nových Hradů motospojku, aby tam vykopali devět hrobů, že přivedou rukojmí z Chvalkova k exekuci. Na poslední chvíli jim byl jedním ze slavečských mužů přivezen do Chvalkova ruční vozík s posbíranými zbraněmi a rukojmí byla propuštěna.

Při razii SS ve Slavči vrátivší se přisluhovač Němců T. F. hledal doma Č. J., kterého hodlal esesákům předhodit jako viníka svého uvěznění. Č. J. ovšem po varování uprchl ze Slavče do lesů. Rychlý spád dalších událostí a příjezd ruských vojáků už znemožnil oběma nacistickým aktérům, L. J. a T. F., další činnost. T. F. zatkli 25. května ve Svébohách, kam se ukryl, a bývalý starosta Slavče byl rovněž zajištěn.

Čtyři roky po Kozlíkově zatčení se 30. června 1946 konala před budovou slavečské školy vzpomínková slavnost, při níž byla na budově odhalena učiteli pamětní deska. Přišli i zbývající členové Kozlíkovy rodiny. Pietního aktu se zúčastnili členové Sokola, baráčníci, učitelé, hasiči, Svaz osvobozených politických vězňů, čestná vojenská jednotka i členové dalších organizací. Jeden z řečníků, okresní školní inspektor František Loukotka, ve svém vystoupení oznámil, že Bohumilu Kozlíkovi byl in memoriam udělen Československý válečný kříž 1939.

Necelý měsíc po tomto smutečním shromáždění se konal v Českých Budějovicích mimořádný lidový soud s L. J. a T. F. Oba dva se k většině provinění doznali, ale vinu na Kozlíkově smrti házeli jeden na druhého. 25. července 1946 je soud uznal vinnými a odsoudil k trestu smrti. Rozsudek byl vykonán ihned. T. F. před smrtí prohlásil, že je nevinen, L. J. neřekl nic.

Pamětní deska zhotovená akademickým sochařem Františkem Mrázkem učiteli Bohumilu Kozlíkovi se stále nachází na budově bývalé školy ve Slavči. Dům, přestavěný na byty, stojí na upravené návsi.