Mimo jiné se mělo město zavázat, že kdyby první etapu opatření u Malého jezu provedlo Povodí Vltavy na své náklady, tak může následně žádat proplacení po Českých Budějovicích. Už tento bod vzbudil kritiku u některých zastupitelů. Pavel Burda pak také například připomněl i posudek z ČVUT, podle kterého stačí ke zkrocení stoleté vody pod Malým jezem zídka na břehu a nemusí se zde rozsáhle bagrovat a kácet.

Na zastupitelstvu vystoupila také řada občanů. „Zásadně nesouhlasím s navrhovanými opatřeními," řekla Marie Říhová a odmítla i to, že se mají v okolí Malše při protipovodňových opatřeních zmenšovat rozlivové plochy. Jarmila Táborská konstatovala, že řeka potřebuje především vyčistit a nebudou potřeba velké zásahy. Václav Junek za negativa chystaných opatření označil zrychlení průtoku v Malši a připomněl také, že po povodni v roce 2002 přišel zákaz stavět v záplavových oblastech, ale kolem Malše se záplavové oblasti zavážejí právě kvůli zástavbě.

V souvislosti s první etapou protipovodňových opatření se navíc vede celkem pět správních řízení. Například Česká inspekce životního prostředí zakázala kácet stromy u Malého jezu, protože jsou biotopem ohrožených druhů a projekt na to nemá zvláštní povolení.

Podle náměstka primátora Petra Holického má ale příprava protipovodňových opatření dlouholetý vývoj a kdyby se teď nepodařilo projekt zahájit, bude to znamenat ztrátu velké šance na státní dotaci, která se nemusí mnoho let opakovat. Opatření proti stoleté vodě také mají podle radnice chránit nejen Havlíčkovu kolonii, ale i centrum města. A hodně diskutované bagrování pravého břehu pod Malým jezem je prostě zlepšením průtokových možností řeky.

Náměstek primátora odmítá i výtky ohledně zmenšování retenčních ploch s tím, že zhruba 30 hektarů, kterých se to týká, by bylo při stoleté vodě zaplaveno během deseti minut. Podle Petra Holického jde tedy o plochy, které nejsou z hydrologického hlediska podstatné.

Hlasování zastupitelů ale ukázalo, že protipovodňová opatření na Malši mají menší podporu, než bylo potřeba. Pro schválení smlouvy o financování bylo potřeba 23 hlasů. Ruku ale zvedlo jen 18 zastupitelů, proti bylo 9 a 8 se zdrželo hlasování.

Kritici radnice to uvítali. „Je to výsledek toho, že veřejnost není lhostejná. Má smysl být aktivní," říká k tomu například Svatomír Mlčoch.

Podle primátora Jiřího Svobody to ale neznamená, že tím záležitost pro město zcela končí, i když zatím nedokáže odhadnout, jestli se třeba hlasování o smlouvě vrátí na zastupitelstvo. „Záležitost se řešit musí," zdůrazňuje Jiří Svoboda. „Přinejmenším má město smluvní závazek s Ministerstvem zemědělství a Povodím Vltavy, se kterými uzavřelo smlouvu o realizaci protipovodňových opatření," připojuje českobudějovický primátor a dodává, že nyní bude potřeba vyvolat jednání všech tří stran, které ukáže, jak dál postupovat. Jisté ale je, že přinejmenším do podzimu se u Malého jezu pracovat nezačne.