V té době byla Průmyslová hlavní komunikací k nádraží. Žižkova ulice ne, protože z prostoru autobusového nádraží se zdvihal nájezd na most do Pětidomí, a Lannovka byla od starého nádraží daleko.


Naproti starému nádraží stál hotel U města Budějovic, dům štukatéra Bartunka, likérka, hotel U císaře rakouského a pozdější tiskárna Moldavia.
Císař František Josef I. přijel po železnici, která nesla jeho jméno. Dráha Františka Josefa I. Č. Budějovice – Plzeň byla uvedena do pravidelného provozu 1. 9. 1868, v roce 1872 až do Vídně. První slavnostní jízda do Plzně se uskutečnila již 18. 8. 1868. (Do Veselí n.L. 8. 8. 1874.)
Současně byla v roce 1868 postavena první nádražní budova. V roce 1870 byla přistavěna křídla, čímž vzniklo „staré“ nádraží, které již jako nefunkční zaniklo až po bombardování v roce 1945.


Denně jezdily dva vlaky do Plzně a dva vlaky přijížděly. Odjížděly v 7.45 a v 18.12 hod. Jízda do Plzně trvala 5 a půl hodiny. Osobní vlaky měly čtyři cestovní třídy. Luxusní byla 1. třída, kde bývaly i postele. Staré nádraží mělo 6 párů kolejí a vlečku do plynárny.


S předstihem byl postaven přes kolejiště železný most k plynárně. To byla náhrada za zrušenou silnici do Suchého Vrbného. Dobrovodská mezi Rudolfovskou a Pětidomím ještě neexistovala. Most byl dlouhý 379 m. Stržen byl v roce 1905, kdy se začalo budovat nové nádraží. Na snímku starého nádraží s vítáním císaře je most vidět v pozadí.


Dnešní lávka pro pěší do Pětidomí, dlouhá 99 m, byla postavena v roce 1908. Konstrukce není zcela původní, protože lávka byla zdemolována, přímo přelomena, při bombardování v roce 1945.


Budova starého nádraží byla poškozena bombardováním 23. a 24. 3. 1945. to bylo v době, kdy o válce bylo prakticky rozhodnuto.


Dne 21. 3. 1945 provedli Američané letecký fotografický průzkum budějovického železničního uzlu. Zachovaly se doklady se záznamy, ve kterých je uvedeno, že zjistili 750 až 900 vagónů na seřadišti a asi 20 lokomotiv v depu. Za dva dny na to vysypali na nádraží a město ve dvou náletech 2000 až 2500 bomb. Na místě budov starého nádraží stojí administrativní budova a železniční poliklinika.


Nové nádraží bylo slavnostně otevřeno dne 17. 12. 1908. Nádražní pošta dne 17. 12. 1909. Nové nádraží mělo být otevřeno 2. 12. 1908 v den 60. výročí nastoupení císaře Františka Josefa na trůn, ale nějak se to nestihlo.


František Josef „měl“ ve městě vedle nádraží a celé jihozápadní dráhy další budovy. V Žižkově ulici byly „Kasárny císaře Františka Josefa. Nemocnice měla název „Jubilejní nemocnice císaře Františka Josefa“. Škola v Nové ulici se jmenovala „Škola císaře Františka Josefa“. Náměstí bylo v letech 1915 až 1918 Kaiser Franz Josef – Platz.


O použití jména císaře Františka Josefa musel být císař písemně informován a teprve v případě jeho souhlasu se jméno slavnostně použilo. Mezi císařem ve Vídni a Č. Budějovicemi byla tedy čilá korespondence.


Není vyloučeno, že měl Č. Budějovice oblíbené. Ve městě byl nejméně šestkrát. Přijel se také hned podívat, jaké škody způsobila ve městě velká povodeň v září 1888.


Po roce 1918 bylo všechno po Františkovi Josefovi spěšně přejmenováno, monogramy FJI a medailony odstraněny, ale jeden nápis přežil. Na škole v Nové ulici zůstaly letopočty 1848 – 1898, které představují padesát let vládnutí císaře Františka Josefa I.