Muzejní sbírky Jihočeského muzea čítají více než
800 000 předmětů. Jejich význam i hodnota spočívá 
v ucelených, systematicky a na vědeckých základech budovaných sbírkových souborech v oblasti botanické, geologické, entomologické, mykologické, zoologické, archeologické, etnografické, numizmatické, historické, uměleckoprůmyslové, divadelní a hudební historie. Dále jsou to sbírky rukopisů, prvotisků, starých tisků, obrazů, grafiky, fotografií a filmů.

Součástí Jihočeského muzea je specializovaná muzejní knihovna se studovnou, která shromažďuje cenné historické sbírky a zároveň rozmnožuje fond odborné literatury s více než osmdesáti tisíci svazky knih a časopisů. Fond odborné literatury tvoří i regionální noviny a časopisy, a to od počátku novinové produkce v jižních Čechách až po dnešek. Knihova muzea je největší muzejní knihovnou v jihočeském regionu.

Expozičně se krajské muzeum zaměřuje na jihočeský region, mapuje jeho historii, kulturu i lidové umění. Poskytuje odborné poradenství pro veřejnost i partnerské instituce. V nově zrekonstruovaných prostorách budovy muzea jsou pořádány tematické výstavy a připravují se další části stálých expozic, které postupně představí jihočeskou přírodu, archeologii, národopis a historii jihočeského loutkářství.

Jihočeské muzeum připravuje pro veřejnost i řadu doprovodných aktivit. Jsou to například přednášky, koncerty, komentované prohlídky k výstavám, vycházky za poznáním, ale i netradiční akce jako je Muzejní noc. 
V rámci vzdělávacích programů vytváří muzeum prostřednictvím muzejních pedagogů edukační programy pro školy a návštěvníky muzea.

Na činnosti muzea se taktéž významně podílejí kluby a sdružení – Mykologický klub, Národopisné sdružení, Historický klub, Jihočeská pobočka České archeologické společnosti, Jihočeská pobočka České botanické společnosti při AV ČR, Jihočeská pobočka České entomologické společnosti a Entomologický kroužek pro děti a mládež, Jihočeský ornitologický klub a Regionální letecko-historická společnost. Ve svých kruzích sdružují zájemce z řad profesionálů i amatérů.

Muzeum vydává řadu odborných periodik: Jihočeský sborník historický; časopis Výběr; Sborník Jihočeského muzea v Českých Budějovicích Přírodní vědy a časopis Archeologické výzkumy
v jižních Čechách. Do správy Jihočeského muzea spadají tři pobočky: Muzeum koněspřežky v Českých Budějovicích, Památník Jana Žižky z Trocnova u Borovan a Tvrz Žumberk u Nových Hradů.

Historická budova v Dukelské ulici prošla značně obsáhlou rekonstrukcí. V roce 2015 byla návštěvníkům zpřístupněna první část stálé expozice s názvem Příběh města Českých Budějovic, která zachycuje jeho historii. Ve třech sálech se návštěvník může seznámit se zajímavými artefakty, které nejen dokládají historické události od založení města, ale svým významem přesahují rámec jihočeského a dokonce i českého regionu.

Své místo zde mají předměty z období gotiky, renesance a baroka včetně archeologických nálezů dokládajících příběh místa a města od doby několik tisíc let před naším letopočtem až do druhé poloviny 20. století. Zapojení moderních interaktivních prvků v expozici umožňuje rozšíření možností v oblasti vzdělávání a zábavy. Expozice vznikla u příležitosti výročí 750 let založení města České Budějovice.