Na podzim roku 2008 odvolaný rektor nyní, kdy se škola brání pokusu ministerstva školství celou instituci zrušit, tvrdí prostřednictvím některých médií, že současné vedení VŠTE vytunelovalo, a poukazuje na plýtvání majetkem.


Dle názoru současného pověřeného rektora i celého vedení VŠTE jde o lživou a nactiutrhačnou pomluvou. „Bylo podáno trestní oznámení pro spáchání trestného činu pomluvy a připravujeme žalobu na ochranu dobré pověsti právnické osoby,“ říká pověřený rektor Marek Vochozka. Obdobné kroky zvažují i jednotliví pracovníci vedení vysoké školy.


VŠTE podle Vochozky v poslední době prošla řadou kontrol (mimo jiné i několika finančními), při nichž nebyly zjištěny žádné významné nedostatky.