Dne 26. června 2020 byla mezi statutárním městem České Budějovice a Jihočeským krajem uzavřena Smlouva o úplatném převodu akcií, kterou město převedlo za úplatu na kraj akcie společnosti Jihočeské letiště a.s. Ta se starala o chod letiště od chvíle, kdy je armáda začala předávat Jihočeskému kraji. V akciovce měly město a kraj po 50% akcií. Město v červnu své akcie převedlo kraji.

Kraj se ale zavázal garantovat městu jedno místo v dozorčí radě společnosti. Rada města na svém jednání 14. prosince 2020 navrhla do funkce člena dozorčí rady primátora Jiřího Svobodu. „Místo v dozorčí radě letiště je důležité, protože zástupce města tak bude u dalšího řešení budoucnosti akciové společnosti, která může do určité míry ovlivnit život v jihočeské metropoli,“ říká Jiří Svoboda.

Jihočeský kraj připravuje letiště na běžný mezinárodní provoz a hledal naposledy letos na jaře a v létě strategického partnera pro další rozvoj areálu. Zatím se ale takového partnera nepodařilo najít.